在生物制药领域
  在生物制药领域  ，质谱技术设备广泛应用于药物发现、药物开发、药代动力学研究和药物临床试验以及药物QA/QC的全过程  ，使科学家能够更高效地表征生物分子 。结构和功能  ，从而加快上市时间并提高药物疗效 。具体分析方法包括但不限于：完整蛋白分析、肽图分析、多糖分析、寡核苷酸和氨基酸分析、抗体药物偶联物（ADC）分析、包装材料相容性研究、药代动力学研究和临床药物试验、合规治疗性蛋白用于生产控制的 CQA 监控 。
  质谱仪在生物制药行业的具体应用
  完整的蛋白质分析 。具体包括

1）详细完正车辆定性分析：更快证实详细完正球胆固醇的分子结构量并判断生物工程工程制药企业业的糖型异质性   ，于是能够在这个制剂设计规划全过程中进行相对较生物工程工程制药企业业车辆 。

2) 带电粒子变体研究讲解：对单克隆免疫抗体中的带电粒子变体对其进行稳盈研究讲解 。微生物药业淀粉酶的带电粒子异质性对药物治疗的平衡性和效果具备明显影向 。

3）球核苷酸聚在一起深入分析：球核苷酸聚在一起应该行成高阶结构特征  ，明显干扰生物工程医药集团的保健做用并所致有危害的的副做用  。

4) 亚产品量具体定量分析：确定性地将mAb助消化成表面抗原段落并还简化具体定量分析  。

5) 具有全面详细产品进行具体分析：具有质谱先决条件下的全面详细蛋清质进行具体分析保持了免疫抗体链中间框架上核心的非共价键  。

6）效价（亲和力）分析：蛋白质浓度（也称为效价）测定已广泛应用于生物技术蛋白质生产过程中 。
  肽图分析 。肽图谱是生物治疗药物表征过程中的关键步骤 。通过将蛋白质消化成其组成肽来对生物药物进行所谓的“自下而上”表征对于确保生物药物分子的完整序列覆盖是必要的 。从药物发现和开发到临床试验阶段再到生物制造和 QA/QC  ，肽图谱仍然是一种关键的分析方法 。
多糖分析 。由于生物制造过程的变化  ，采用复杂糖基化模式的生物治疗糖蛋白很容易超出规格 。为了满足 ICH Q5E 和 ICH Q6B 等监管要求  ，制造商必须仔细表征蛋白质糖基化及其与药物临床活性的关系 。糖蛋白的完整分析提供了有关寡糖的一级结构及其在各个糖基化位点的变异的信息 。
  寡核苷酸和氨基酸分析 。基于核苷酸的药物已经很成熟  ，代表了一类重要的临床药物 。尽管非常有效  ，但这些分子的合成和开发容易受到与工艺相关的杂质和修饰的影响 。因此  ，完整的表征在整个开发和生产过程中非常重要 。
  抗体药物偶联物 (ADC) 。抗体药物偶联物 (ADC) 是通过 ADC 交联剂与小分子药物共价结合（偶联）的蛋白质（通常是单克隆抗体 (mAb)） 。单克隆抗体的靶向能力与强效抗癌药物相结合  ，可以灵敏地区分健康细胞和患病细胞  。考虑到药物缀合物的效力  ，开发这些生物治疗药物比单独开发单克隆抗体更加困难 。质谱技术可以轻松分离和表征这些新型分子 。